Клиническая больница №50 — единственное медицинское учреждение в Сарове. Все поликлиники, больничный городок и т.п. находятся в составе и под управлением КБ-50. Административная структура КБ-50 выглядит следующим образом:

1. Управление КБ-50 — общие службы: отдел кадров, бухгалтерия и т.д.

2. Медсанчасть №1 включает в себя три поликлиники («взрослые»):
2.1. Поликлиника №1
2.2. Поликлиника №2
2.3. Стоматологическая поликлиника

3. Медсанчасть №3 — «больничный городок». В состав медсанчасти №3 входят 19 специализированных отделений хирургического и терапевтического профилей.

4. Медсанчасть №4 — детские поликлиники и отделения:
4.1. Детское инфекционное отделение (стационар на Маслихе)
4.2. Педиатрическое отделение (стационар на Маслихе)
4.3. Детская поликлиника (два здания — одно руководство)
4.4. Детский пульмонологический санаторий «Солнышко»
4.5. Физиотерапевтическое отделение

5. Диагностический центр (лаборатории в поликлиниках и стационаре)
5.1. отделение ультразвуковой диагностики (72/8 на Маслихе)
5.2. патологоанатомическое отделение и судебномедицинская экспертиза (морг)
5.3. централизованное лабораторное отделение
5.4. централизованное отделение функциональной диагностики
5.5. централизованное рентгеновское отделение
5.6. эндоскопическое отделение

6. Психоневрологический диспансер со стационаром (ласково именуемый «психушка»)
6.1. Психиатрическое отделение №1 (на Маслихе)
6.2. Психиатрическое отделение №2
6.3. Амбулаторно-поликлиническое отделение (в поликлиниках)
6.4. Наркологическое отделение (Зернова-43)

7. Централизованное отделение по оказанию платных услуг
выделено в отдельное подразделение, хотя фактически находится в поликлинике №1 и прием ведут те же самые врачи, но в специально отведенное для платных больных время. Также на платной основе возможно оказание любых других медицинских услуг в стационарах, включая операционные.